Date post: | 05-Apr-2015 |
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Enthalpie, freie Enthalpie, freie Energie
Thomas Ellinghaus &
Niklas Hoffmann
Proteinfaltung, DNA – Struktur
Enthalpie
• Energiemaß, das nur von der Wärme abhängt
• Innere Energie:∆U = ∆Q + ∆W ► - p∆V
• Lösung: Enthalpie ∆H = ∆U + ∆(pV)
• Unter isobaren Bedingungen: ∆H = ∆U + p∆V = ∆Q
Freie Enthalpie
2) in 1) einsetzen, T multiplizieren
1)
2)
Ges außen
außenaußen
S S S
QS
T
außenQ Q
3) außenT S T S Q :Isobar Q H
. : außenDef G TS
G H T S
Freie Energie
• Unter isobaren Bedingungen:
∆Q = ∆H
∆G = ∆H - T∆S
• Unter isochoren Bedingungen:
∆Q = ∆U
• ∆F = ∆U - T∆S
Freie Enthalpie
• ΔG ist Indikator, ob Reaktionen spontan ablaufen:
– ΔG < 0: exergon, Reaktion läuft spontan ab
– ΔG > 0: endergon, Reaktion läuft spontan nicht ab
Anfinsen - Experiment
• Ribonuclease A• 1) Entfaltung • 2) Erneute Faltung
Anfinsen - Experiment
• Strukturinformation muss in Protein gespeichert sein!
• Möglichkeit:
Energie in Form von ∆G!
Proteinfaltung
• Freie Enthalpie ΔG < 0
Proteinfaltung
• Kräfte bei der Proteinfaltung:
– Enthalpie• Wasserstoffbrückenbindungen• Ionische Wechselwirkungen (Coulomb-Kräfte)• Disulfidbrücken• Van der Waals – Wechselwirkungen
– Entropie• Hydrophober Effekt
Proteinfaltung - Enthalpie– Enthalpie
• Wasserstoffbrückenbindungen
• Ionische Wechselwirkungen (Coulomb-Kräfte)
• Disulfidbrücken• Van der Waals –
Wechselwirkungen
– Entropie• Hydrophober Effekt
• H – Brücken:– Stabilisieren vor allem
Sekundärstrukturen
– ΔH : Zunahme
Proteinfaltung - Enthalpie– Enthalpie
• Wasserstoffbrückenbindungen
• Ionische Wechselwirkungen (Coulomb-Kräfte)
• Disulfidbrücken• Van der Waals –
Wechselwirkungen
– Entropie• Hydrophober Effekt
• Ionische Wechselwirkungen
– pH – abhängig – Ladungsabhängig– Aminosäuren mit
permanenter Ladung, Lysin, Arginin, Aspartat, Glutamat
– ΔH : Zunahme
Proteinfaltung - Enthalpie– Enthalpie
• Wasserstoffbrückenbindungen
• Ionische Wechselwirkungen (Coulomb-Kräfte)
• Disulfidbrücken• Van der Waals –
Wechselwirkungen
– Entropie• Hydrophober Effekt
• Disulfidbrücken
– Stabilisieren Faltungen– Kovalente Bindungen– Immunoglobulin G
– ΔH : Zunahme
Proteinfaltung - Enthalpie– Enthalpie
• Wasserstoffbrückenbindungen
• Ionische Wechselwirkungen (Coulomb-Kräfte)
• Disulfidbrücken• Van der Waals –
Wechselwirkungen
– Entropie• Hydrophober Effekt
• Van der Waals – Kräfte:
– Dispersionskräfte, zB. Unpolare Reste von Aminosäuren
– Permanente Dipole, zB. Peptidbindung
– Dipol / induzierter Dipol, zB. Aromaten
– ΔH : Zunahme
Proteinfaltung
• Enthalpie
– Wasserstoffbrückenbindungen
– Ionische Wechselwirkungen (Coulomb-Kräfte)
– Disulfidbrücken– Van der Waals –
Wechselwirkungen
Entropie ?
Proteinfaltung - Entropie
• Primärstruktur: Hohe Entropie• Tertiärstruktur: Niedrige Entropie• Trotzdem Faltung….
– Hydrophober Effekt
• Beispiel Langkettiges Kohlenhydrat
Proteinfaltung - Entropie
• Lipid in Wasser: Bildet schnell einen großen Tropfen
• Wasser bildet Hydratkäfig um unpolare Substanzen
Proteinfaltung - Entropie
• Zusammenlagerung dieser Reste reduziert die Anzahl an Wassermolekülen, die an der Käfigbildung beteiligt sind
• Entropiegewinn des Wassers
Fetttropfen sind aus Sicht des Wassers entropisch günstiger als Einzellipide
→
Proteinfaltung - Entropie
• Polypeptidkette:– Großer Entropieverlust
durch Faltung
• Wasser– Kleiner
Entropiegewinn durch Faltung
Energetische BetrachtungRel. ΔG
Entropieverlust
Enthalpiegewinn
Entropiegewinn
∆G = ∆H - T∆S
DNA
• Doppelstrang-Helix
• Warum diese Form?
• Struktur: Helix besteht aus
1. Phosphat-/ Zucker-Rückgrat außen
2. Nukleinbasen im Zentrum
DNA-Struktur
• Warum in Form einer Helix?
– Maximierung der Abstände der
Phosphate zueinander
– Phosphate stoßen sich voneinander
ab
• Nachbarnukleotide
• quer zur Helixachse
• längs zur Helixachse
DNA-Struktur
• Nachbarnukleotide haben größten Einfluss:– Abstoßungskraft gleichartiger Ladungen
nimmt mit dem Quadrat des Abstands ab• Flashback: Coulombsches Gesetz
• d.h.
1 22
0
1
4 r
q qF
r
2
1~Fr
DNA-Struktur
• Folge: Phosphate maximieren Abstanddurch Bildung kreisförmiger Struktur
• Zusätzlicher Vorteil:– polare Phosphate zeigen zum polaren Lösungsmittel
(H2O) hin
– unpolare Nukleinbasen zeigen zueinander und nach innen, werden so abgeschirmt
• ModellePauling vs. Watson und Crick
DNA-Struktur
• Bildung der Helix führt zu erheblichemΔG-Gewinn
• ΔH-Zunahme bei ΔS-Abnahme:– 1) Wasserstoff-
brückenbindungen der Basen
– 2) Basenstapelung:van-der-Waals-Kräfte, hydrophobe Wechselwirkungen
lnG RT K
1) Wasserstoff-brückenbindungen
• Paarungen haben exakt gleiche Abmessungen– → Gleichmäßigkeit
• A/T-Paar liefert 2 H-Brücken
• G/C-Paar liefert 3 H-Brücken– → ΔG-Gewinn steigt mit
G/C-Anteil
– → Energieaufwand zur Helix-Entwindung steigt mit dem G/C-Gehalt
Exkurs:Schmelztemperatur von DNA
• Denaturierung (Schmelzen, Entstapelung) von DNA-Doppelstrang benötigt Energiezufuhr
• Tm ist die Temperatur, bei der die Hälfte der Helix gespalten ist (Wärmezufuhr)
Exkurs:Schmelztemperatur von DNA
• Frage:Ist Tm von purer G/C-Helix 3/2 von Tm von purer A/T-Helix?
• Nein!– → Verhältnis ist
geringer, d.h. ΔG-Gewinn beruht auch auf zusätzlichem Faktor...
2) Basenpaarung
• noch nicht komplett erforscht
• Versuche zeigen aber, dass – freie Nukleotide stapeln
sich in Lösung nach bestimmtem Muster freiwillig
– Steigende Hydrophobizität fördert Basenstapelung
– m: MolalitätФ: osmotischer Koeffizient
DNA-Struktur
• Basenstapelung nur bei Helix-Form
• H-Brücken liefern zwar ΔH-Zunahme, sorgen
jedoch vor allem für Spezifität;
Hauptanteil durch Basenstapelung
• ΔH-Zunahme ist treibende Kraft der Helix-
Formation
Vergleich Proteine & DNA
• Gemeinsamkeit:
Ausbildung von
Superstrukturen
exergonisch
• Unterschied:
Proteinfaltung
enthalpisch und
entropisch,
Helix-Formation
enthalpisch
angetrieben
Quellen
• Biochemistry (Voet, Voet)• Biochemistry (Berg, Tymoczko, Stryer)• Methoden der Biophysikalischen Chemie
(Winter, Noll)• Physical Chemistry for the Life Sciences
(Atkins, de Paula)• The Biochemistry of Nucleic Acids
(Adams, Knowler, Leader)• Introduction to Protein Structure
(Branden, Tooze)• Vorlesungsfolien (Stehle, Ihringer, Enderlein)