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Medizininformatik für eine datenbasierte Gesundheitsversorgung und Forschung
Dennis Kadioglu25.01.2018CCC-AG-Doku
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Medizininformatik…
... ist „die Wissenschaft der systematischen Erschließung, Verwaltung, Aufbewahrung, Verarbeitung und Bereitstellung von Daten, Informationen und Wissen in der Medizin und im Gesundheitswesen. Sie ist von dem Streben geleitet, damit zur Gestaltung der bestmöglichen Gesundheitsversorgung beizutragen“.
(Definition Medizinische Informatik, Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V.)
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BMBF-Förderkonzept MI
• Ziel:ein vernetztes Gesundheitswesen für eine Verbesserung von Forschungsmöglichkeiten und Patientenversorgung
• Aufgabe:kontextübergreifender Austausch und gemeinsames Nutzen von Daten und Wissen
• Aufgabe:Kompetenzvermittlung für datengetriebene Versorgung und Forschung
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Konsortien
ADMIRE
DIFUTURE*
HD4CR
HiGHmed*
MIRACUM*
share-it
SMITH*
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BMBF-Förderkonzept MI
• Ziel:ein vernetztes Gesundheitswesen für eine Verbesserung von Forschungsmöglichkeiten und Patientenversorgung
• Aufgabe:kontextübergreifender Austausch und gemeinsames Nutzen von Daten und Wissen
• Aufgabe:Kompetenzvermittlung für datengetriebene Versorgung und Forschung
6 http://labblog.uofmhealth.org/industry-dx/for-optimizing-patient-data-track-and-share-every-moment
DIC
Search & Compose
Ontologies
Metadata
AE A VE V
SAP LIMS
Research
Data
…
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Verstehen wir uns denn?
I‘m feeling cold. My diagnosis: COLD
I caught a cold.
https://clipartfest.com/
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Zusammenarbeit:Intern, extern und national
• BMBF verpflichtet ALLE geförderten Konsortien zur Mit- und Zusammenarbeit in einem Nationalen Steuerungsgremium
• Drei AGs• (Broad) Consent / Consent Management
• Data Sharing, Use & Access
• Interoperabilität
• Telcos und Workshops -> Eckpunktepapiere
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~200 Beteiligte8 Universitätsklinika,8 Medizinische Fakultäten,2 Hochschulen
Medical Informatics for Research and Care in University Medicine
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Use Cases
1. Alerting in Care - IT Support for Patient Recruitment
2. From Data to Knowledge - Clinico-molecular predictive knowledge tool
3. From Knowledge to Action - support for Molecular Tumor Boards
4. Rare Diseases
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Alerting in Care - IT Support for Patient Recruitment
• Etablierung eines Studienregisters• An jedem Standort
• Standortübergreifend (selektiver Umfang)
• Formalisierung von Ein-/Ausschlusskriterien• MIRACUM-Datenelemente für Probandenrekrutierung im
M-MDR
• Benachrichtigung am klinischen Arbeitsplatz
• IT-unterstütztes Probandenmanagement
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MIRACUM-Auswertungen
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MIRACUM-Auswertungen
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MIRACUM-Auswertungen
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MIRACUM-Auswertungen
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MIRACUM-Auswertungen
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From Data to Knowledge - Clinico-molecular predictive knowledge tool
• Anwendung von Machine Learning zur Mustererkennung und zum Clustering• Componentwise Boosting, Deep Boltzmann Machines
• Inklusion von Daten aus allen Standorten, basierend auf harmonisiertem Datenmodell• OMOP CDM
• Alarmierung am klinischen Arbeitsplatz• SMART-on-FHIR
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SMART-on-FHIR
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SMART-on-FHIR
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SMART-on-FHIR
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From Knowledge to Action - support for Molecular Tumor Boards
• Etablierung einer Infrastruktur für das Teilen und gemeinsame Nutzen von Analyse-Pipelines für Hochdurchsatzdaten (Wissen teilen, Qualität sichern)
• Aufbau einer MIRACUM-Datenbank für genetische Varianten
• IT-Unterstützung für die Auswertung, Interpretation und Dokumentation in Molekularen Tumorboards
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Rare Diseases
• Identifikation von ähnlichen Patienten(-fällen) an den MIRACUM-Standorten zur Diagnosenunterstützung
• Identifikation der passenden Ansprechpartner/Experten im SE-Atlas
• Präsentation am klinischen Arbeitsplatz• SMART-on-FHIR
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Use & Access
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IT-Unterstützung: MIRACOLIX
Primary Data Sources ID-Management Tools Data Anonymization Tools
Metadata Repository Data Harmonisation / Mapping Tool
Consent ManagementSystem
Natural Language Processing Tool
Hospital-/Faculty-/MIRACUM-wide Trial-/Project Registry
Project ProposalManagement Tool
ETL Tools Data Integration and Data Exploration Repositories
IT infrastructure to share and easily deploy software pipelines
Tools for Data QualityAnalysis, Reporting andVisualisation
Modules for innovative user-friendly and efficient patient care process visualization
Connector Component(s)
Long-Term Research Data Archive
Federated Authentication Tools for Development, Deployment and Monitoring of IT SolutionsG
UF
isM
IRA
CU
M c
om
pet
ence
cen
ter
Medical Informatics ReusAble eCosystem of Open source Linkable and Interoperable software tools
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BMBF-Förderkonzept MI
• Ziel:ein vernetztes Gesundheitswesen für eine Verbesserung von Forschungsmöglichkeiten und Patientenversorgung
• Aufgabe:kontextübergreifender Austausch und gemeinsames Nutzen von Daten und Wissen
• Aufgabe:Kompetenzvermittlung für datengetriebene Versorgung und Forschung
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Strengthening Medical Informatics
• Master Programme "Biomedical Informatics and Medical Data Science“
• Fortbildungsprogramm für Mediziner
• Online-Kurse
• Summer Schools
• Training und Hospitation
• in der Konzeptphase und bis heute: 40 Webinare
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„…the culture of data sharing will be levelled up from a project-by-project based approach to daily common practice.”
Learning Health(care) System
Open Data?